A lo largo de sus casi mil años de historia ha resistido guerras, saqueos y expolios. Pero en el año 2008, su milenaria historia estuvo a punto de llegar a su fin, cuando el propietario del inmueble solicitó permiso para derribar lo poco que queda del Monasterio de Santa Gema, en Labeaga (Navarra). La institución Príncipe de Viana, encargada de velar por la conservación del patrimonio en la Comunidad foral, denegó la concesión, argumentando que formaba parte del patrimonio cultural de la región. 
Sin embargo, el riesgo no ha desaparecido para este cenobio del siglo XI. Sin protección legal específica, se encuentra completamente abandonado y en ruinas. Por este motivo, dicho monasterio acaba de incorporarse a la Lista Roja que elabora la asociación Hispania Nostra y que recoge más de 1.100 monumentos españoles en riesgo de desaparición, destrucción o alteración esencial de sus valores.
El templo, de estilo gótico, es lo único que ha perdurado del monasterio, en estado de ruina. Es de una sola nave, con tres tramos de piedra de sillería. Cuenta asimismo con dos accesos: uno a los pies y otro en el lado de la epístola. Su portada de arco de medio punto fue expoliada, así como un rosetón y parte de las piedras que lo conforman. Lo más singular del edificio es que se levanta sobre la única cripta medieval de Tierra Estella. En una de sus paredes interiores se encuentra una piedra tallada con un símbolo indoeuropeo, lo que parece confirmar la existencia de pueblos celtas en la margen derecha del río Ega.
Otorgado en 1063 por el rey Sancho Garcés IV «el de Peñalén» a la Catedral de Pamplona, se piensa que de este monasterio procedía el misal (Liber missarum) que, junto con otros códices litúrgicos (el Liber ordinum de Albelda o el de Irache), se llevó a Roma para acreditar ante el Papa Alejandro II la ortodoxia del rito mozárabe. En 1802 existía todavía una casa habitada por el arrendatario del término y actualmente el bien es de propiedad particular. En el mismo concejo de Labeaga, perteneciente a su vez al municipio de Igúzquiza, es posible visitar la iglesia medieval de San Germán y San Servando.
